Le régime juridique de la protection des espèces en droit français

Fondements et origines de la protection des espèces

La protection des espèces animales et végétales constitue l'un des piliers du droit de l'environnement français. Elle trouve ses racines dans la loi du 10 juillet 1976 relative à la protection de la nature, texte fondateur qui a posé le principe selon lequel la protection des espaces naturels et des espèces fait partie de l'intérêt général. Cette loi a été complétée par la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages, qui a consacré le principe de non-régression du droit de l'environnement et introduit la notion de préjudice écologique dans le Code civil (article 1246).

Le cadre européen joue un rôle déterminant. La directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 dite « Habitats, faune, flore » impose aux États membres de prendre les mesures nécessaires pour instaurer un système de protection stricte des espèces animales figurant à son annexe IV. La directive 2009/147/CE du 30 novembre 2009 dite « Oiseaux » assure quant à elle la conservation de toutes les espèces d'oiseaux vivant naturellement à l'état sauvage sur le territoire européen. Au niveau international, la Convention de Berne du 19 septembre 1979 relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe, ainsi que la Convention de Washington (CITES) du 3 mars 1973 sur le commerce international des espèces menacées, complètent cet édifice normatif.

Le dispositif législatif et réglementaire national

L'article L. 411-1 du Code de l'environnement pose le principe général d'interdiction de destruction, de capture, de mutilation, de transport et de commercialisation des espèces protégées. Il interdit également la destruction ou la dégradation de leurs habitats naturels. L'article L. 411-2 du Code de l'environnement confie à un décret en Conseil d'État le soin de fixer les modalités d'application de ce régime, notamment la liste des espèces protégées, la durée des interdictions (permanentes ou temporaires), le périmètre géographique concerné (incluant le domaine public maritime et les eaux territoriales) et les conditions de délivrance d'autorisations exceptionnelles à des fins scientifiques.

Les listes d'espèces protégées sont établies par arrêtés ministériels. On peut citer l'arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire, l'arrêté du 1er juillet 2011 relatif aux mammifères marins, ou encore l'arrêté du 8 janvier 2021 concernant les amphibiens et reptiles en métropole. Ces listes couvrent des espèces très diverses : l'épervier d'Europe, l'hirondelle à front blanc, la grenouille des champs, le petit rorqual ou le dauphin commun en sont des exemples.

Le régime de dérogation : l'article L. 411-2 4° du Code de l'environnement

Le système de protection n'est pas absolu. L'article L. 411-2 4° du Code de l'environnement prévoit un régime de dérogation à l'interdiction de destruction des espèces protégées. Ces dérogations, délivrées par le préfet ou le ministre chargé de l'environnement, sont soumises à trois conditions cumulatives : l'absence de solution alternative satisfaisante, la non-atteinte au maintien de l'état de conservation favorable des populations concernées dans leur aire de répartition naturelle, et la justification par l'un des motifs limitativement énumérés (intérêt de la santé et de la sécurité publiques, prévention de dommages importants aux cultures, protection de la faune et de la flore, recherche scientifique, raisons impératives d'intérêt public majeur).

Le Conseil d'État a précisé les conditions d'octroi de ces dérogations dans un arrêt majeur (CE, 9 décembre 2022, n° 463563), en exigeant du pétitionnaire qu'il démontre que le projet répond à une raison impérative d'intérêt public majeur et qu'il n'existe pas de solution alternative de moindre impact. La Cour de justice de l'Union européenne avait déjà posé un cadre exigeant dans son arrêt du 10 octobre 2019, Luonnonsuojeluyhdistys (C-674/17), en rappelant que la dérogation doit être interprétée de manière stricte.

Le contentieux des espèces protégées et les projets d'aménagement

La question de la protection des espèces protégées se pose avec une acuité particulière dans le cadre des grands projets d'aménagement et d'infrastructure. Le juge administratif contrôle le respect de la séquence « éviter, réduire, compenser » (ERC), inscrite à l'article L. 110-1 II 2° du Code de l'environnement. Le Conseil d'État a affirmé, dans l'arrêt d'Assemblée du 9 décembre 2022, que le juge doit vérifier si le projet nécessite une dérogation « espèces protégées » même lorsque le pétitionnaire n'en a pas sollicité, dès lors que des espèces protégées sont susceptibles d'être affectées.

L'affaire du Grand Hamster d'Alsace (Cricetus cricetus) illustre les enjeux du contentieux européen. La France a été condamnée par la CJUE le 9 juin 2011 (C-383/09) pour manquement à ses obligations de protection de cette espèce en raison de l'urbanisation excessive dans la plaine d'Alsace. Cette condamnation a conduit à l'adoption de plans nationaux d'action renforcés.

Les sanctions pénales

Les atteintes aux espèces protégées sont pénalement sanctionnées. L'article L. 415-3 du Code de l'environnement punit la destruction, la capture ou l'enlèvement d'espèces protégées de trois ans d'emprisonnement et 150 000 euros d'amende. Ces peines ont été renforcées par la loi du 24 juillet 2019 portant création de l'Office français de la biodiversité (OFB), qui exerce désormais les missions de police de l'environnement. En cas d'infraction commise en bande organisée, les peines sont portées à sept ans d'emprisonnement et 750 000 euros d'amende (article L. 415-6 du Code de l'environnement).

Enjeux contemporains et évolutions récentes

La Stratégie nationale biodiversité 2030, adoptée en novembre 2023, fixe l'objectif de placer 10 % du territoire national sous protection forte. La question de la coexistence entre activités humaines et conservation des espèces protégées reste un sujet de tension, comme l'illustrent les débats récurrents autour de la protection du loup (Canis lupus), dont la gestion relève du Plan national d'actions loup et activités d'élevage. La réintroduction de certaines espèces, comme l'ours dans les Pyrénées, soulève des questions similaires d'équilibre entre impératifs écologiques et intérêts socio-économiques.

Le droit de la protection des espèces connaît par ailleurs une extension progressive à travers la notion de fonctionnalité écologique des habitats : il ne s'agit plus seulement de protéger un spécimen isolé, mais l'ensemble du cycle biologique de l'espèce et les corridors écologiques qui lui sont nécessaires.

À retenir

• Les articles L. 411-1 et L. 411-2 du Code de l'environnement constituent le socle du régime de protection des espèces, interdisant la destruction, la capture et la dégradation des habitats.
• Les dérogations sont encadrées par trois conditions cumulatives strictes (absence d'alternative, maintien de l'état de conservation, motif d'intérêt public) et font l'objet d'un contrôle juridictionnel approfondi.
• Le cadre européen (directives Habitats et Oiseaux) et international (conventions de Berne et CITES) impose des obligations contraignantes transposées en droit interne.
• Les sanctions pénales peuvent atteindre trois ans d'emprisonnement et 150 000 euros d'amende, voire sept ans et 750 000 euros en bande organisée.
• La séquence « éviter, réduire, compenser » est un principe directeur applicable à tout projet susceptible d'affecter des espèces protégées.