La protection et la connaissance du patrimoine naturel : inventaires, biodiversité et rôle des collectivités

Le cadre juridique de la connaissance du patrimoine naturel

La protection du patrimoine naturel repose sur un préalable indispensable : sa connaissance. Le législateur a progressivement construit un dispositif d'inventaire et de recensement des richesses naturelles du territoire national, dont les fondements remontent à la loi du 10 juillet 1976 relative à la protection de la nature. Cette loi fondatrice a posé le principe d'un inventaire national du patrimoine naturel, confié à l'État, qui recense les espèces animales et végétales, les habitats naturels, les formations géologiques et les zones présentant un intérêt écologique particulier.

L'article L. 411-1 A du Code de l'environnement organise aujourd'hui la contribution des collectivités territoriales à cette connaissance. Celles-ci peuvent réaliser des inventaires locaux ou territoriaux, ainsi que des atlas de la biodiversité, qui viennent compléter l'inventaire national. Ces outils servent notamment à alimenter l'élaboration du schéma régional de cohérence écologique (SRCE), devenu depuis la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité le schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires (SRADDET) dans son volet biodiversité, ou encore à organiser l'accès aux ressources génétiques dans le cas spécifique du conseil départemental de Mayotte.

L'inventaire national du patrimoine naturel (INPN)

L'inventaire national du patrimoine naturel, prévu à l'article L. 411-1 du Code de l'environnement, constitue le socle de la connaissance naturaliste en France. Il est institué pour l'ensemble du territoire national, terrestre, fluvial et marin. Sa gestion scientifique est confiée au Muséum national d'histoire naturelle, qui centralise et valide les données collectées par l'État, les établissements publics, les collectivités territoriales et les associations naturalistes.

Cet inventaire comprend notamment les zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF), créées en 1982, qui identifient les secteurs du territoire présentant un intérêt biologique remarquable. Bien que les ZNIEFF n'aient pas de portée réglementaire directe, le Conseil d'État a jugé qu'elles constituent un élément d'appréciation pertinent dans le contrôle de légalité des décisions d'urbanisme (CE, 30 décembre 2014, Société Vent de Colère Fédération nationale, n° 380503). Le juge administratif tient ainsi compte de l'existence d'une ZNIEFF pour apprécier la légalité d'un permis de construire ou d'une déclaration d'utilité publique.

Les atlas de la biodiversité communale (ABC)

Les atlas de la biodiversité communale constituent un outil privilégié de connaissance du patrimoine naturel à l'échelle locale. Lancés en 2010 par le ministère chargé de l'environnement, ils permettent aux communes et aux intercommunalités de recenser les habitats, la faune et la flore présents sur leur territoire. L'atlas de la biodiversité n'a pas de valeur contraignante en lui-même, mais il éclaire utilement l'élaboration des documents d'urbanisme, en particulier les plans locaux d'urbanisme (PLU) et les schémas de cohérence territoriale (SCoT).

Depuis la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages, l'Office français de la biodiversité (OFB), créé par la loi du 24 juillet 2019, accompagne les collectivités dans la réalisation de ces atlas en apportant un soutien technique et financier. Cet établissement public, issu de la fusion de l'Agence française pour la biodiversité et de l'Office national de la chasse et de la faune sauvage, joue un rôle central dans la mise en œuvre de la politique de biodiversité.

Le schéma régional de cohérence écologique et la trame verte et bleue

Le schéma régional de cohérence écologique (SRCE), introduit par la loi du 3 août 2009 de programmation relative à la mise en œuvre du Grenelle de l'environnement (dite Grenelle I) et précisé par la loi du 12 juillet 2010 (Grenelle II), visait à identifier les continuités écologiques constituant la trame verte et bleue (TVB). Cette trame comprend les réservoirs de biodiversité et les corridors écologiques reliant ces réservoirs, afin de permettre la circulation des espèces et le maintien de la diversité génétique.

Depuis l'ordonnance du 27 juillet 2016, le SRCE a été intégré dans le SRADDET pour les régions métropolitaines (hors Île-de-France, Corse et outre-mer). Le SRADDET fixe des objectifs en matière de préservation et de remise en bon état des continuités écologiques, qui s'imposent aux documents d'urbanisme dans un rapport de prise en compte, c'est-à-dire une obligation de compatibilité atténuée (CE, 9 juin 2004, Association "Alsace Nature"). Les inventaires locaux réalisés par les collectivités alimentent directement l'élaboration de ce schéma en fournissant des données précises sur les milieux naturels et les espèces présentes.

La spécificité de Mayotte et l'accès aux ressources génétiques

Le législateur a prévu un régime particulier pour Mayotte, en raison de la richesse exceptionnelle de sa biodiversité tropicale et marine. L'article L. 411-1 A du Code de l'environnement confie au conseil départemental de Mayotte une compétence spécifique en matière d'accès aux ressources génétiques. Cette disposition s'inscrit dans le cadre plus large du protocole de Nagoya sur l'accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation, adopté en 2010 et ratifié par la France en 2016.

La loi du 8 août 2016 a transposé les principes du protocole de Nagoya en droit français, en créant un régime d'autorisation pour l'accès aux ressources génétiques et aux connaissances traditionnelles associées (articles L. 412-1 et suivants du Code de l'environnement). À Mayotte, les inventaires locaux jouent un rôle déterminant pour identifier les ressources génétiques présentes et organiser leur accès dans le respect des principes de partage des avantages.

Les outils de protection liés à la connaissance du patrimoine naturel

La connaissance du patrimoine naturel acquise par les inventaires permet de fonder des mesures de protection juridique. Parmi les principaux outils, on trouve les espaces naturels sensibles (ENS), dont la gestion relève des départements en vertu de l'article L. 113-8 du Code de l'urbanisme, financés par la part départementale de la taxe d'aménagement. Les départements peuvent exercer un droit de préemption sur les ENS pour en assurer la préservation (article L. 215-1 du Code de l'urbanisme).

Les réserves naturelles, qu'elles soient nationales (créées par décret en Conseil d'État), régionales (créées par délibération du conseil régional depuis la loi du 27 février 2002) ou de Corse, constituent un autre outil majeur. Le Conseil d'État a précisé les conditions de création des réserves naturelles, en exigeant notamment que le périmètre retenu soit justifié par l'intérêt du patrimoine naturel à protéger (CE, 25 janvier 2017, Commune de Val-d'Isère, n° 395902).

Enfin, les parcs naturels régionaux (PNR), créés par décret sur initiative des régions, sont des territoires dont le patrimoine naturel et culturel est reconnu comme remarquable. Leur charte constitue un document d'orientation avec lequel les documents d'urbanisme doivent être compatibles (article L. 333-1 du Code de l'environnement).

À retenir

• Les collectivités territoriales contribuent à la connaissance du patrimoine naturel par la réalisation d'inventaires locaux et d'atlas de la biodiversité, en complément de l'inventaire national géré par le Muséum national d'histoire naturelle.
• Les ZNIEFF, bien que dépourvues de portée réglementaire directe, sont prises en compte par le juge administratif dans le contrôle de légalité des décisions d'urbanisme.
• La trame verte et bleue, désormais intégrée au SRADDET, vise à maintenir les continuités écologiques et s'impose aux documents d'urbanisme dans un rapport de prise en compte.
• Le régime d'accès aux ressources génétiques, transposé du protocole de Nagoya par la loi du 8 août 2016, comporte des dispositions spécifiques pour Mayotte.
• Les principaux outils de protection fondés sur la connaissance du patrimoine naturel sont les ENS (départements), les réserves naturelles (État ou régions) et les PNR (régions).