La protection du patrimoine naturel : cadre juridique et rôle des collectivités territoriales

Les fondements juridiques de la protection du patrimoine naturel

La protection du patrimoine naturel en France repose sur un édifice normatif construit progressivement depuis la loi du 10 juillet 1976 relative à la protection de la nature, texte fondateur qui a posé le principe selon lequel la protection des espaces naturels et des paysages, la préservation des espèces animales et végétales, le maintien des équilibres biologiques et la protection des ressources naturelles contre toutes les causes de dégradation constituent un intérêt général. Ce principe a été consolidé par l'inscription de la Charte de l'environnement dans le bloc de constitutionnalité en 2005, dont l'article 1er consacre le droit de chacun à vivre dans un environnement équilibré et respectueux de la santé.

Le Code de l'environnement, dans son livre IV, organise la protection du patrimoine naturel autour de plusieurs axes : la connaissance et l'inventaire du patrimoine (articles L. 411-1 et suivants), la protection des espèces (articles L. 411-1 et suivants), la protection des espaces naturels (articles L. 332-1 et suivants pour les réserves naturelles, L. 341-1 et suivants pour les sites classés et inscrits) et la gestion des sites Natura 2000 (articles L. 414-1 et suivants). À l'échelle européenne, la directive Habitats du 21 mai 1992 (92/43/CEE) et la directive Oiseaux du 30 novembre 2009 (2009/147/CE) constituent les piliers de la protection de la biodiversité.

L'inventaire du patrimoine naturel et les atlas de la biodiversité

L'article L. 411-1 A du Code de l'environnement confie à l'État la responsabilité de l'inventaire du patrimoine naturel, défini comme l'inventaire des richesses écologiques, faunistiques, floristiques, géologiques, pédologiques, minéralogiques et paléontologiques. Cet inventaire est conduit sous la responsabilité scientifique du Muséum national d'histoire naturelle et s'appuie sur les données collectées par les établissements publics, les collectivités territoriales et les associations de protection de l'environnement.

Les collectivités territoriales peuvent contribuer activement à cette connaissance par la réalisation d'inventaires locaux ou d'atlas de la biodiversité communale (ABC). Ces atlas, dont le déploiement a été encouragé par l'Office français de la biodiversité (OFB), permettent de cartographier les habitats naturels, les espèces présentes et les continuités écologiques à l'échelle d'un territoire. Ils constituent un outil d'aide à la décision pour l'élaboration des documents d'urbanisme et des politiques d'aménagement.

Les données recueillies alimentent le Système d'information sur la nature et les paysages (SINP), plateforme nationale de partage des données sur la biodiversité, et contribuent à l'élaboration du schéma régional de cohérence écologique (SRCE), devenu un volet du schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires (SRADDET) depuis la loi NOTRe du 7 août 2015.

La trame verte et bleue : un outil de planification écologique

La trame verte et bleue (TVB), instaurée par la loi Grenelle II du 12 juillet 2010, constitue un réseau écologique formé de continuités écologiques terrestres (trame verte) et aquatiques (trame bleue). Elle vise à enrayer la perte de biodiversité en maintenant et en restaurant les capacités de circulation des espèces dans le paysage. Les articles L. 371-1 et suivants du Code de l'environnement en définissent le cadre.

Le SRCE, élaboré conjointement par la région et l'État, identifie les réservoirs de biodiversité et les corridors écologiques qui les relient. Les documents d'urbanisme (PLU, SCoT) doivent prendre en compte ce schéma, ce qui confère aux collectivités un rôle déterminant dans la mise en œuvre concrète de la TVB. Le Conseil d'État a confirmé l'opposabilité de cette obligation de prise en compte (CE, 26 juin 2015, n° 360212).

Les espaces naturels protégés : une diversité de statuts

Le droit français offre une palette variée d'outils de protection des espaces naturels, au sein desquels les collectivités territoriales jouent des rôles différenciés.

Les réserves naturelles se déclinent en trois catégories : les réserves naturelles nationales (RNN), créées par décret, les réserves naturelles régionales (RNR), créées par délibération du conseil régional depuis la loi Démocratie de proximité du 27 février 2002, et les réserves naturelles de Corse. La gestion peut être confiée à des collectivités, des établissements publics ou des associations agréées.

Les parcs naturels régionaux (PNR), créés par décret sur initiative des régions (articles L. 333-1 et suivants du Code de l'environnement), reposent sur une charte négociée entre les collectivités membres. Ils ne constituent pas un régime de protection stricte mais un outil de développement durable des territoires ruraux. Le Conseil d'État a précisé que la charte d'un PNR s'impose aux documents d'urbanisme dans un rapport de compatibilité (CE, 8 février 2012, Commune de Gréasque, n° 335838).

Les espaces naturels sensibles (ENS), financés par la part départementale de la taxe d'aménagement (article L. 113-1 du Code de l'urbanisme), permettent aux départements d'acquérir des terrains par voie amiable ou par exercice du droit de préemption dans les zones de préemption qu'ils ont délimitées. Ce dispositif, issu de la loi du 18 juillet 1985, confère aux départements un rôle majeur dans la préservation du foncier naturel.

La protection des espèces et le contentieux environnemental

La protection des espèces protégées (articles L. 411-1 et L. 411-2 du Code de l'environnement) interdit la destruction, la capture, le transport et la commercialisation des spécimens appartenant à des espèces figurant sur des listes fixées par arrêté ministériel. Le régime de dérogation prévu à l'article L. 411-2 subordonne toute atteinte à trois conditions cumulatives : l'absence de solution alternative satisfaisante, le maintien de l'espèce dans un état de conservation favorable et la justification par une raison impérative d'intérêt public majeur.

Le Conseil d'État a apporté des précisions fondamentales sur ce régime. Dans la décision du 3 juin 2020 (n° 425395), il a jugé que la dérogation « espèces protégées » doit être sollicitée dès lors qu'un projet est susceptible d'affecter des spécimens, même de manière non intentionnelle. La notion de raison impérative d'intérêt public majeur a fait l'objet d'une interprétation exigeante, le juge administratif procédant à un contrôle approfondi de la proportionnalité.

Les collectivités territoriales sont directement concernées par ce contentieux lorsqu'elles portent des projets d'aménagement. La jurisprudence relative au hamster d'Alsace (CJUE, 9 juin 2011, Commission c/ France, C-383/09) a illustré les conséquences d'une protection insuffisante, la France ayant été condamnée en manquement pour n'avoir pas assuré une protection stricte de cette espèce face à l'urbanisation.

Le rôle croissant des collectivités dans la gouvernance de la biodiversité

La loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages a renforcé le cadre institutionnel de la protection du patrimoine naturel. Elle a créé l'Agence française pour la biodiversité (devenue Office français de la biodiversité en 2020 par fusion avec l'Office national de la chasse et de la faune sauvage), inscrit dans le Code de l'environnement le principe de non-régression du droit de l'environnement et consacré la séquence éviter, réduire, compenser (ERC) comme principe directeur.

Les agences régionales de la biodiversité, prévues par cette même loi, associent les régions et l'OFB dans des structures partenariales dédiées à la mise en œuvre territoriale des politiques de biodiversité. Les régions se sont ainsi vu reconnaître un rôle de chef de file en matière de biodiversité, conformément à l'article L. 1111-9 du Code général des collectivités territoriales, modifié par la loi NOTRe.

Les communes et intercommunalités participent également à la protection du patrimoine naturel par l'exercice de leurs compétences en matière d'urbanisme. L'intégration des enjeux de biodiversité dans les plans locaux d'urbanisme (PLU), à travers les zonages N (zones naturelles), les emplacements réservés et les orientations d'aménagement et de programmation, constitue un levier essentiel de préservation des milieux naturels à l'échelle locale.

À retenir

• Le patrimoine naturel bénéficie d'une protection constitutionnelle (Charte de l'environnement de 2005), législative (Code de l'environnement) et européenne (directives Habitats et Oiseaux).
• Les collectivités territoriales contribuent à la connaissance du patrimoine naturel par les inventaires locaux et les atlas de la biodiversité, outils d'aide à la décision pour l'aménagement du territoire.
• La trame verte et bleue, déclinée dans les SRCE puis les SRADDET, s'impose aux documents d'urbanisme dans un rapport de prise en compte.
• Les départements disposent d'un rôle clé via les espaces naturels sensibles et le droit de préemption, les régions via les réserves naturelles régionales et les PNR.
• La séquence éviter, réduire, compenser (ERC) et le régime de dérogation « espèces protégées » constituent des contraintes juridiques majeures pour les projets d'aménagement portés par les collectivités.