La protection du patrimoine naturel : cadre juridique et outils de conservation

Les fondements juridiques de la protection du patrimoine naturel

La protection du patrimoine naturel constitue un objectif à valeur constitutionnelle depuis l'intégration de la Charte de l'environnement dans le bloc de constitutionnalité par la loi constitutionnelle du 1er mars 2005. L'article 2 de cette Charte dispose que "toute personne a le devoir de prendre part à la préservation et à l'amélioration de l'environnement". Le Conseil constitutionnel a confirmé la pleine valeur juridique de l'ensemble des droits et devoirs définis dans la Charte (CC, 19 juin 2008, n° 2008-564 DC, Loi relative aux OGM).

Le Code de l'environnement organise la protection du patrimoine naturel dans son livre IV. L'article L. 110-1 pose les principes fondamentaux qui irriguent l'ensemble du droit de l'environnement : principe de prévention, principe de précaution, principe pollueur-payeur, principe de participation et, depuis la loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, principes de solidarité écologique, d'absence de perte nette de biodiversité et de non-régression.

Le principe de non-régression, codifié à l'article L. 110-1 III du Code de l'environnement, interdit que la protection de l'environnement ne puisse faire l'objet que d'une amélioration constante, compte tenu des connaissances scientifiques et techniques du moment. Le Conseil d'État en a précisé la portée en jugeant qu'il ne crée pas un droit au maintien de la législation existante mais impose au pouvoir réglementaire de ne pas réduire le niveau de protection sans justification suffisante (CE, 8 décembre 2017, Fédération Allier Nature, n° 404391).

L'inventaire du patrimoine naturel et le rôle des conseils scientifiques régionaux

L'inventaire du patrimoine naturel constitue le socle de toute politique de conservation. L'article L. 411-1 A du Code de l'environnement prévoit la création dans chaque région d'un conseil scientifique régional du patrimoine naturel (CSRPN). Cet organisme couvre l'ensemble des disciplines des sciences de la vie et de la terre, pour les milieux terrestres, fluviaux et marins. Il peut être saisi pour avis par le préfet de région ou par le président du conseil régional sur toute question relative à l'inventaire et à la conservation du patrimoine naturel.

Le CSRPN joue un rôle consultatif essentiel dans l'évaluation scientifique des espaces naturels et des espèces. Sa composition pluridisciplinaire garantit une expertise transversale, indispensable face à la complexité des enjeux écologiques. Il intervient notamment dans la procédure de classement des espaces naturels sensibles et dans l'évaluation des incidences des projets sur les sites Natura 2000.

L'inventaire national du patrimoine naturel (INPN), prévu par l'article L. 411-1 du Code de l'environnement, est institué pour l'ensemble du territoire national terrestre, fluvial et marin. Cet inventaire recense les richesses écologiques, faunistiques, floristiques, géologiques, pédologiques, minéralogiques et paléontologiques. Il est conduit sous la responsabilité scientifique du Muséum national d'histoire naturelle. Les collectivités territoriales et les établissements publics de coopération intercommunale contribuent à cet inventaire.

Les zones naturelles d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF), bien que dépourvues d'effet juridique contraignant direct, constituent un outil d'inventaire fondamental. Le Conseil d'État a toutefois jugé que l'existence d'une ZNIEFF constitue un élément que l'autorité administrative doit prendre en considération lors de l'instruction d'une demande d'autorisation (CE, 30 décembre 2015, Société Néo-Planète, n° 380663).

Les régimes de protection des espèces et des espaces

La protection du patrimoine naturel s'organise autour de deux axes complémentaires : la protection des espèces et la protection des espaces.

S'agissant des espèces, l'article L. 411-1 du Code de l'environnement interdit la destruction, la capture, la mutilation et l'enlèvement des spécimens d'espèces animales et végétales protégées, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats. Les listes d'espèces protégées sont fixées par arrêté ministériel. Le régime de dérogation, prévu à l'article L. 411-2, est strictement encadré : la dérogation ne peut être accordée que s'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, si la dérogation ne nuit pas au maintien de l'état de conservation favorable des populations concernées, et si elle est justifiée par l'un des motifs limitativement énumérés (intérêt de la santé et de la sécurité publiques, raisons impératives d'intérêt public majeur). Le Conseil d'État a précisé que la condition de raison impérative d'intérêt public majeur s'apprécie au regard de l'ensemble des caractéristiques du projet (CE, 25 mai 2018, Association Défense libre, n° 413267).

S'agissant des espaces, le droit français prévoit une gradation d'outils de protection, des plus souples aux plus contraignants :

• Les parcs naturels régionaux (PNR), créés par décret sur initiative des régions, constituent des instruments de gestion territoriale fondés sur une charte contractuelle (article L. 333-1 du Code de l'environnement).
• Les réserves naturelles (nationales, régionales ou de Corse) soumettent un territoire à un régime réglementaire strict interdisant ou limitant certaines activités (articles L. 332-1 et suivants).
• Les parcs nationaux, régis par la loi du 14 avril 2006, comportent un coeur soumis à une réglementation particulièrement stricte et une aire d'adhésion fondée sur le volontariat des communes.
• Les arrêtés de protection de biotope, pris par le préfet au titre de l'article L. 411-1, permettent de réglementer les activités susceptibles de porter atteinte à l'équilibre biologique des milieux.

Le réseau Natura 2000 et le droit européen

Le droit de l'Union européenne a considérablement renforcé la protection du patrimoine naturel à travers deux directives fondatrices : la directive "Oiseaux" du 2 avril 1979 (désormais codifiée dans la directive 2009/147/CE) et la directive "Habitats" du 21 mai 1992 (92/43/CEE). Ces textes ont institué le réseau Natura 2000, composé de zones de protection spéciale (ZPS) et de zones spéciales de conservation (ZSC).

La France a longtemps accusé un retard dans la transposition et la mise en oeuvre de ces directives, ce qui lui a valu plusieurs condamnations par la Cour de justice de l'Union européenne (CJCE, 18 mars 1999, Commission c/ France, C-166/97, pour insuffisance de classement de ZPS). Le droit français a opté pour une approche contractuelle de la gestion des sites Natura 2000, à travers les documents d'objectifs (DOCOB) et les contrats Natura 2000, tout en prévoyant un mécanisme d'évaluation des incidences des projets susceptibles d'affecter un site de manière significative (article L. 414-4 du Code de l'environnement).

Le Conseil d'État a jugé que l'évaluation des incidences Natura 2000 doit être complète et précise, et que l'autorisation d'un projet ne peut être délivrée que si l'autorité compétente a acquis la certitude qu'il ne portera pas atteinte à l'intégrité du site (CE, 13 décembre 2017, Société Ho Hio Hen Automobiles, n° 399535).

L'Office français de la biodiversité et la gouvernance de la biodiversité

La loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité a profondément remanié l'architecture institutionnelle de la protection du patrimoine naturel. Elle a créé l'Agence française pour la biodiversité (AFB), fusionnée avec l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) par la loi du 24 juillet 2019 pour donner naissance à l'Office français de la biodiversité (OFB). Cet établissement public exerce des missions de police administrative et judiciaire, d'appui technique aux politiques publiques, de gestion d'espaces protégés et de soutien à la recherche.

Au niveau régional, les agences régionales de la biodiversité (ARB), constituées sous forme de groupements d'intérêt public associant l'OFB et les régions, assurent la déclinaison territoriale de la stratégie nationale pour la biodiversité. Les comités régionaux de la biodiversité, prévus par l'article L. 371-3 du Code de l'environnement, contribuent à la cohérence de la trame verte et bleue.

La trame verte et bleue et la séquence ERC

La trame verte et bleue (TVB), introduite par la loi du 3 août 2009 (Grenelle I) et précisée par la loi du 12 juillet 2010 (Grenelle II), vise à maintenir et reconstituer un réseau de continuités écologiques terrestres et aquatiques. Le schéma régional de cohérence écologique (SRCE), désormais intégré dans le schéma régional d'aménagement, de développement durable et d'égalité des territoires (SRADDET), identifie les réservoirs de biodiversité et les corridors écologiques. Les documents d'urbanisme (SCOT, PLU) doivent prendre en compte la TVB.

La séquence "éviter, réduire, compenser" (ERC), formalisée par la loi du 8 août 2016, s'impose à tout projet soumis à évaluation environnementale. Le maître d'ouvrage doit d'abord chercher à éviter les atteintes à la biodiversité, puis à les réduire, et seulement en dernier ressort à les compenser. Le Conseil d'État a précisé que la compensation doit aboutir à l'absence de perte nette de biodiversité et ne peut justifier un projet dont les atteintes n'ont pas été suffisamment évitées et réduites (CE, 6 décembre 2017, Fédération Allier Nature, n° 400559).

À retenir

• Le conseil scientifique régional du patrimoine naturel (CSRPN) est un organe consultatif pluridisciplinaire, saisi par le préfet de région ou le président du conseil régional, qui intervient dans l'inventaire et la conservation du patrimoine naturel.
• La protection du patrimoine naturel repose sur un double dispositif de protection des espèces (interdiction de destruction, régime dérogatoire strict) et des espaces (parcs, réserves, arrêtés de biotope, Natura 2000).
• Le principe de non-régression, codifié en 2016, interdit au pouvoir réglementaire d'abaisser le niveau de protection environnementale sans justification suffisante.
• La trame verte et bleue assure la continuité écologique du territoire et doit être prise en compte par les documents d'urbanisme.
• La séquence "éviter, réduire, compenser" constitue la méthodologie obligatoire de prise en compte de la biodiversité dans tout projet soumis à évaluation environnementale.