L'écosystème deeptech français face au défi du passage à l'échelle : entre soutien public à l'innovation et transformation de l'action administrative

La France compte désormais plus de 2 500 start-up deeptech, selon le dernier bilan de Bpifrance, avec un doublement du nombre de projets soutenus depuis le lancement du Plan Deeptech en 2019. Le rapport France 2030, remis en février 2026, souligne toutefois que malgré cette croissance, l'écosystème français reste confronté à un déficit structurel de passage à l'échelle industrielle. Seules 12 % des start-up deeptech françaises atteignent le stade de la commercialisation à grande échelle, contre 25 % aux États-Unis et 20 % en Allemagne. Le financement en amorçage a progressé, mais les tours de financement de série B et C demeurent insuffisants, contraignant de nombreuses entreprises innovantes à se tourner vers des investisseurs étrangers ou à délocaliser leur production. Le Conseil d'État, dans son étude annuelle 2024 consacrée à la souveraineté, a relevé que la transformation numérique de l'État constituait un levier essentiel pour accompagner l'écosystème d'innovation, tout en pointant les rigidités administratives qui freinent la commande publique innovante.

Le cadre juridique du soutien public à l'innovation : entre droit des aides d'État et commande publique

Le soutien public à l'écosystème deeptech s'inscrit dans un cadre juridique complexe articulant droit national et droit de l'Union européenne. Le règlement général d'exemption par catégorie (RGEC, règlement UE 651/2014, modifié en 2023) autorise les aides à la recherche, au développement et à l'innovation sous certaines conditions d'intensité et de transparence. En droit interne, l'article L. 131-1 du code de la recherche confie à l'État la mission de définir la politique nationale de recherche et d'innovation. Le crédit d'impôt recherche (CIR), codifié à l'article 244 quater B du code général des impôts, constitue le principal instrument fiscal, avec plus de 7 milliards d'euros annuels.

S'agissant de la commande publique, le code de la commande publique (ordonnance du 26 novembre 2018) a introduit le partenariat d'innovation (articles L. 2172-1 à L. 2172-4), permettant aux acheteurs publics de confier à un opérateur économique une mission de recherche et développement suivie de l'acquisition des produits ou services innovants sans nouvelle mise en concurrence. Le Conseil d'État a précisé la portée de ce dispositif (CE, 24 juin 2020, Société Cerba, n° 437616), en rappelant que le recours au partenariat d'innovation suppose que le besoin ne puisse être satisfait par des solutions disponibles sur le marché.

La transformation numérique de l'administration : un levier pour l'écosystème d'innovation

La loi du 7 octobre 2016 pour une République numérique a posé les bases de l'ouverture des données publiques (open data), consacrée aux articles L. 321-1 et suivants du code des relations entre le public et l'administration (CRPA). Le Conseil constitutionnel a validé ce cadre tout en rappelant les limites tenant à la protection des données personnelles et au secret des affaires (CC, décision n° 2016-739 DC du 17 novembre 2016). La CJUE a pour sa part confirmé que la directive 2019/1024 sur les données ouvertes imposait aux États membres de faciliter la réutilisation des données du secteur public dans des conditions non discriminatoires (CJUE, 12 juillet 2022, Ligue SPA, aff. C-129/21).

La direction interministérielle du numérique (DINUM), créée par le décret du 25 octobre 2019, est chargée de piloter la transformation numérique de l'État. Le programme TECH.GOUV, puis la feuille de route numérique de l'État actualisée en 2025, visent à développer un « État plateforme » capable de mettre ses infrastructures numériques au service de l'innovation. L'enjeu est de permettre aux entreprises deeptech d'accéder plus facilement aux marchés publics et aux données publiques nécessaires à leurs travaux de recherche.

Propriété intellectuelle et souveraineté technologique : les tensions du cadre normatif

L'écosystème deeptech soulève des questions spécifiques en matière de propriété intellectuelle. Le brevet unitaire européen, entré en vigueur le 1er juin 2023, et la juridiction unifiée du brevet (JUB) modifient en profondeur le paysage de la protection des inventions issues de la recherche publique. L'article L. 611-7 du code de la propriété intellectuelle régit les inventions de salariés, tandis que la loi du 15 mai 2001 (dite loi Allègre) et le décret du 2 octobre 1996 encadrent la valorisation des résultats de la recherche publique par les établissements d'enseignement supérieur.

Le Conseil d'État, dans son étude annuelle 2024, a souligné que la souveraineté technologique impliquait de repenser les mécanismes de contrôle des investissements étrangers dans les secteurs stratégiques. L'article L. 151-3 du code monétaire et financier soumet à autorisation préalable du ministre de l'Économie les investissements étrangers dans des activités touchant à la sécurité publique, la défense nationale ou les technologies critiques. Le décret du 31 décembre 2019, élargi en 2020 et 2024, a progressivement étendu le champ des secteurs concernés, incluant désormais les biotechnologies, l'intelligence artificielle et les technologies quantiques, domaines au coeur de la deeptech.

L'expérimentation et la dérogation normative au service de l'innovation

L'article 72, alinéa 4, de la Constitution, révisé par la loi constitutionnelle du 28 mars 2003, permet aux collectivités territoriales de déroger à titre expérimental aux dispositions législatives et réglementaires. La loi organique du 19 avril 2021 relative à la simplification des expérimentations (loi dite « 3DS ») a assoupli ce cadre en permettant la généralisation différenciée des expérimentations réussies. En matière d'innovation publique, le Conseil d'État a admis la légalité des « bacs à sable réglementaires » (regulatory sandboxes), sous réserve du respect du principe d'égalité (CE, Ass., 28 juin 2002, Villemain, n° 220361).

La loi du 22 mai 2019 relative à la croissance et la transformation des entreprises (loi PACTE) a par ailleurs créé un droit à l'expérimentation pour les entreprises innovantes (article 67), permettant des dérogations temporaires à certaines normes sectorielles sous le contrôle de l'autorité administrative compétente. Ce dispositif vise à réduire le « time to market » des innovations deeptech, souvent freinées par des procédures d'homologation longues.

Enjeux pour les concours

Le candidat doit maîtriser l'articulation entre le soutien public à l'innovation et les contraintes du droit de la concurrence et des aides d'État (RGEC, articles 107 et 108 TFUE). Il convient de connaître les instruments de la commande publique innovante (partenariat d'innovation, articles L. 2172-1 et suivants du code de la commande publique) et la jurisprudence du Conseil d'État sur les conditions de leur mise en oeuvre. La transformation numérique de l'administration, encadrée par le CRPA et pilotée par la DINUM, constitue un thème transversal reliant innovation publique et modernisation de l'action administrative. Le candidat retiendra également les mécanismes de contrôle des investissements étrangers (article L. 151-3 du code monétaire et financier) et le cadre constitutionnel de l'expérimentation (article 72, alinéa 4, de la Constitution), deux sujets fréquemment mobilisés dans les épreuves de droit public. Enfin, l'étude annuelle 2024 du Conseil d'État sur la souveraineté offre une grille de lecture essentielle pour comprendre les tensions entre ouverture à l'innovation et protection des intérêts stratégiques nationaux.